Según la UICN (Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza), la vaquita marina se encuentra en peligro crítico de extinción debido a varias razones:

En 1997 la estimación del número de vaquitas era de 567, desde entonces la población se ha reducido en un 94%. La amenaza principal son los enredos con las redes de enmalle que sigue sin cesar.
La población total en el año 2017 era de 30 individuos, siendo el número de individuos maduros, claramente, muy inferior a 50.
La disminución del número de individuos es continua y todos los individuos maduros se encuentran en la misma subpoblación, por lo que podría producirse endogamia y perderse la variabilidad genética.
En el año 2015 se estimó que la probabilidad de extinción en los próximos 10 años, es superior al 50%. Aun así, se cree que los análisis efectuados subestiman el riesgo de extinción y que la especie desaparecerá mucho antes.